Το 1886 ο Γρηγόριος Εμπεδοκλής ίδρυσε το τραπεζικό του γραφείο και το 1896 την «Τράπεζα Γρ. Εμπεδοκλέους». Το 1907 μετατράπηκε σε Ανώνυμη εταιρεία με επωνυμία «Εμπορική Τράπεζα της Ελλάδος Α.Ε.» και εισήχθη στο Χρηματιστήριο Αξιών Αθηνών. Το 1923 ιδρύθηκε στο Λονδίνο η Commercial Bank of the Near East με υποκαταστήματα σε Αλεξάνδρεια και Κωνσταντινούπολη. Κατά τον Β” Παγκόσμιο Πόλεμο ο Γρ. Εμπεδοκλής αναχώρησε για την Νότιο Αφρική (όπου πέθανε το 1951) και στην διοίκηση αναπληρώθηκε από τους Χ. Μουλάκη και Π. Βαφειαδάκη. Η τράπεζα προχώρησε σε σημαντικές επενδύσεις σε ακίνητα και μετοχές εταιρειών και το 1942, απόκτησε την πλειοψηφία των μετοχών της Ασφαλιστικής Εταιρείας Φοίνιξ. Το 1952 την διοίκηση της τράπεζας ανέλαβε ο καθηγητής Στρατής Ανδρεάδης. Τα επόμενα χρόνια ακολούθησαν εξαγορές άλλων τραπεζών και εταιρειών: Ιονική και Λαϊκή Τράπεζα (1957), ασφαλιστική εταιρεία Ιονική (1958), Τράπεζα Πειραιώς (1962), ασφαλιστική εταιρεία «Γενικαί Ασφάλειαι» (1962), Τράπεζα Αττικής (1964), Βιομηχανία Φωσφορικών Λιπασμάτων, Χυμών & Κονσερβών, Ιονική Ξενοδοχειακή, Ναυπηγεία Ελευσίνος κ.α. Το 1971 ιδρύθηκαν θυγατρικές Τράπεζες σε Παρίσι και Φρανκφούρτη.

Η κρατικοποίηση

Το 1975 η τράπεζα περιήλθε στον έλεγχο του Ελληνικού Δημοσίου. Ο Στρατής Ανδρεάδης απομακρύνθηκε από την διοίκηση και ορίστηκε Κυβερνητικός Επίτροπος. Το 1976, μετά από αύξηση του Μετοχικού Κεφαλαίου, την πλειοψηφία των μετοχών αποκτούν δημόσιοι οργανισμοί. Μεταξύ 1991 και 1992 η τράπεζα πούλησε επτά από τις θυγατρικές της, το 1995 εξαγόρασε το 51% της ασφαλιστικής εταιρίας Μetrolife, το 1997 μεταβίβασε την πλειοψηφία των μετοχών της Τραπέζης Αττικής, και το 1999η Ιονική Τράπεζα πουλήθηκε στην Alpha Bank. Κατά την δεκαετία του 1990 ίδρυσε επίσης και άλλες χρηματοπιστωτικές εταιρείες, και επεκτάθηκε στην Κύπρο όπου ίδρυσε και υποκαταστήματα, ενώ το 2001 ιδρύθηκε η θυγατρική της «Εμπορική Τράπεζα της Ελλάδος (Κύπρου) Λ.Τ.Δ».

Η έλευση των γάλλων

Το 2000 η Γαλλική τράπεζα Credit Agricole εισήλθε στο μετοχικό κεφάλαιο της Εμπορικής με ποσοστό 6,7% που αυξήθηκε σε 8,74% το 2002. Το 2004 στο πλαίσιο ανασύνταξης του Ομίλου της Εμπορικής Τράπεζας απορροφήθηκαν συνολικά δέκα θυγατρικές εταιρείες.

Το 2006 η Credit Agricole εκδήλωσε ενδιαφέρον για την εξαγορά της Εμπορικής με στόχο να αναλάβει το 40% των μετοχών. Η Διυπουργική Επιτροπή Αποκρατικοποιήσεων αποφάσισε την πώληση των μετοχών που ελέγχονται από το δημόσιο (ΔΕΚΑ+Ταμεία 31,13%) προς 25 ευρώ ανά μετοχή (συνολικό τίμημα για το 100% των μετοχών: 3,3 δισ. ευρώ) μετά την αύξηση της προσφερόμενης τιμής από την Credit Agricole κατά 1,5 ευρώ. Η θετική ανταπόκριση της ελληνικής κυβέρνησης στην πώληση του ποσοστού του δημοσίου προκάλεσε αντιδράσεις μεταξύ των εργαζομένων της Εμπορικής που δεν επιθυμούν την ιδιωτικοποίηση της τράπεζας, αλλά και της αντιπολίτευσης που θεωρεί την τιμή πώλησης χαμηλή για να πουληθεί χωρίς να υπάρχει άλλη προσφορά. Τον Αύγουστο του 2006, η Credit Agricole απέκτησε τελικά το 71,97% του μετοχικού κεφαλαίου της Τράπεζας, η οποία περιήλθε στον έλεγχό της.